Il principio fondamentale deve essere la libertà dell'allievo, poiché solo la libertà favorisce la creatività del bambino già presente nella sua natura. Dalla libertà deve emergere la disciplina. Un individuo disciplinato è capace di regolarsi da solo quando sarà necessario seguire delle regole di vita. Il periodo infantile è un periodo di enorme creatività, è una fase della vita in cui la mente del bambino assorbe le caratteristiche dell'ambiente circostante facendole proprie, crescendo per mezzo di esse, in modo naturale e spontaneo, senza dover compiere alcuno sforzo cognitivo. Con la Montessori molte regole dell'educazione consolidate nei primi anni del secolo cambiarono. I bambini subnormali venivano trattati con rispetto, venivano organizzate per loro delle attività didattiche. I bambini dovevano imparare a prendersi cura di se stessi e venivano incoraggiati a prendere decisioni autonome.
L'oggetto dell'osservazione  della Montessori non è il bambino in sé, ma la scoperta del bambino nella sua spontaneità ed autenticità. Infine, della scuola tradizionale infantile Maria Montessori critica il fatto che, in essa, tutto l'ambiente sia pensato a misura di adulto. In un ambiente così concepito, il bambino non si trova a suo agio e quindi nelle condizioni per poter agire spontaneamente.
La Montessori definisce il bambino come un embrione spirituale nel quale lo sviluppo psichico si associa allo sviluppo biologico.
Nel 1907 fonda a Roma la prima casa dei bambini, destinata non più ai bambini portatori di handicap ma ai figli degli abitanti del quartiere San Lorenzo. Si tratta di una casa speciale, non costruita per i bambini ma è una casa dei bambini. È ordinata in maniera tale che i bambini la sentano veramente come loro.