Navata laterale sinistra (per chi entra dal portale centrale e incominciando dal fondo verso l’ingresso del Tempio): San Giuseppe Protettore della Chiesa universale, Sposalizio di San Giuseppe, Sogno di San Giuseppe, Nascita di Gesù, Presentazione al Tempio, Adorazione dei Magi. Navata laterale destra (proseguendo nell’ordine): San Giuseppe, la Madonna, il Bambino Gesù, Sant’Elisabetta, San Giovanni fanciullo (sull’edicola della “Pietà”), la Fuga in Egitto, Approdo in Egitto, Ritrovamento di Gesù nel Tempio, La Santa Famiglia al lavoro, Morte di San Giuseppe. Donate da pie Associazioni o da singoli devoti di San Giuseppe, otto di tali opere sono fattura squisita della ditta C. Mayer, di Monaco di Baviera (1932-1935), quattro della ditta Giuliani di Roma, di cui due su disegni del Cisterna (1953), e due su disegni della pittrice Giuliani (1971). La luce del giorno esalta in modo quanto mai suggestivo la trasparente policromìa di tali vetrate. Nelle vetrate della finestra trigemina sulla parete interna della facciata, sono raffigurati: al centro Benedetto XV e a sinistra San Pio X, Pontefici che ebbero assai care le opere di bene di don Guanella, e a destra Pio IX, il Papa che proclamò San Giuseppe Protettore della Chiesa Universale.
Nell’Anno santo del 2000 presso la cappella dell’Addolorata, seconda da destra dall’ingresso, restaurata per l’occasione, è stata presentata una nuova vetrata. è rappresentato Papa Giovanni Paolo II che apre la Porta del Grande Giubileo.
Nell’anniversario centenario della Basilica, nel marzo 2012, presso la cappella della Madonna della Divina Provvidenza, in fondo alla crociera di destra, le due vetrate in onore di San Luigi Guanella, opera del gruppo «Domus Dei», dono della Pia Unione del Transito di San Giuseppe.